Фамилия Лилисон — редкая и неочевидная для русского уха. Её первая реакция — иноязычная основа, и это верно. Скорее всего, перед нами не исконно русская фамилия, а одна из тех, что появились в Российской империи в результате ассимиляции иностранцев или через моду на европейские фамилии среди дворянства.

Словообразовательная модель указывает на патроним (фамилию по отцу) с суффиксом -сон, что по-шведски и по-английски означает «сын». В русском контексте такие фамилии чаще всего встречались у обрусевших шведов, немцев, а также у еврейского населения, которое в XIX веке нередко получало фамилии с немецкими или английскими формантами. Основа Лили- может восходить к женскому имени Лилия (популярному у евреев как перевод имени Шошана) или к библейскому имени Лилит (в народной этимологии). Есть и более прозаичная версия: от немецкого слова Lilie (лилия) — такой «цветочный» суффикс мог дать фамилию аптекарю, садовнику или просто человеку с прозвищем Лилия.

В отличие от массовых русских фамилий на -ов/-ин, Лилисон почти не встречается в крестьянской среде. Её носители в дореволюционной России — это, как правило, мещане, купцы или военные невысоких чинов, выходцы из Прибалтики или западных губерний. Встречается она и в среде польской шляхты, где -сон могло быть искажением окончания -ский.

Главная особенность фамилии — её искусственный, «кабинетный» характер. Такие фамилии часто давали при записи в метрические книги или при выборе фамилии еврейским населением в черте оседлости. Поэтому Лилисон — это не прозвище, которое закрепилось стихийно, а сознательный выбор. Сегодня она сохранилась в основном у потомков эмигрантов первой волны и в странах бывшего СССР, но остаётся крайне редкой.