Фамилия Лилкова — женская форма, а её мужской вариант — Лилков. Это относительно редкая фамилия, и её происхождение не лежит на поверхности, что делает разбор особенно интересным.

Словообразовательная модель проста: суффикс -ов/-ев указывает на принадлежность («чей?»), то есть Лилков — потомок человека по прозвищу или имени Лилко. Основа — «Лилк-». Вот тут и начинается главная загадка. Самое прямое объяснение — отчество от неканонического имени или прозвища Лилко. В русских говорах слово «лилкий» могло означать «льющийся, жидкий» или, в переносном смысле, «плаксивый, слезливый». Однако это лишь одна из версий.

Более вероятно, что корень связан с диалектным глаголом «лилить» — «лить много, проливать». В таком случае Лилком могли прозвать неаккуратного человека, постоянно что-то проливающего, или, напротив, того, кто занимался литьём (например, литейщика, работавшего с металлом). Прозвища по ремеслу — один из самых распространённых источников русских фамилий, и эта версия выглядит убедительнее, чем гипотеза о плаксивом характере.

Географически фамилия тяготеет к северным и центральным областям России, где такие диалектные формы встречались чаще. Встречается она и в среде старообрядцев, у которых бытовали редкие прозвища, не попавшие в официальные святцы. Есть и совсем экзотическая, но маловероятная версия — связь с тюркским корнем «лил» (глина), но для русского ономастикона она нетипична.

Таким образом, предок современных Лилковых, скорее всего, получил прозвище по роду занятий (литейщик) или по бытовой привычке. Фамилия недворянская, крестьянская или мещанская, что подтверждается её прозрачной, но не книжной основой.