Фамилия Лилькова образована от женского имени или прозвища Лилька. В русском языке это уменьшительно-ласкательная форма от имени Лилия — церковного (календарного) или, что вероятнее, от светского имени, данного по названию цветка. Популярность «цветочных» женских имён в XIX веке, особенно в городской и мещанской среде, породила целую группу фамилий: Розов, Фиалков, Лильев, Лильков. Однако основательницей рода Лильковых могла быть и женщина с прозвищем Лилька — не обязательно по имени, а, скажем, за кроткий нрав или, наоборот, за любовь к нарядам с лилиями.

Суффикс -ов- в фамилии Лилькова указывает на типичную модель образования от имени матери или жены. В русской традиции фамилии на -ов/-ев чаще давались по отцу, но существовал и «матримониальный» слой: если глава семьи был известен под прозвищем Лилька (или его жену звали Лилькой), то детей и потомков записывали как Лильковы. В северных и центральных губерниях России, где фамилии активно оформлялись в XVIII–XIX веках, такая модель встречалась реже, чем отчество, но не была исключением.

Географически фамилия Лилькова тяготеет к югу России и Поволжью. Встречается в архивах Воронежской, Тамбовской, Саратовской губерний. Там уменьшительное «Лилька» было в ходу как самостоятельное имя, особенно в крестьянской среде, где полное церковное имя Лилия считалось «барским» и редко давалось при крещении. Чаще девочку называли Лилей или Лилькой, а в метриках записывали как Лидия или Елизавета — отсюда у фамилии Лильков мог быть иной корень: через созвучие с именами Лидия (Лида → Лилька) или Елена (Лёля → Лиля → Лилька).

Интересная деталь: фамилия Лилькова — женская форма, но в русской традиции она закрепилась за родом в целом. То есть мужчина мог носить фамилию Лильков, а его жена и дочери — Лилькова. В современных справочниках фамилия нечастая, но устойчивая: она не угасла, как многие «цветочные» фамилии, а сохранилась в нескольких ветвях, в основном в Центральной России и на Урале, куда переселенцы принесли её в XIX веке.