Фамилия Линденер — это классический пример немецкой фамилии, образованной по топонимическому принципу. В основе лежит прозвище, данное человеку, который был родом из города Линден (Linden) в земле Гессен, Германия. Суффикс -ер в немецких фамилиях как раз и указывает на связь с местом: он превращает название города в указание на «того, кто оттуда». То есть Линденер — это «линденец».

Сам топоним Линден прозрачен по смыслу: он восходит к немецкому слову Linde — «липа». Скорее всего, поселение возникло в липовой роще или на месте, где росла приметная липа. Такая модель называния городов по деревьям встречается в немецкой топонимике повсеместно, поэтому версия о «липовом» корне — основная и самая правдоподобная.

Фамилия звучит аристократичнее, чем многие крестьянские прозвища, но на деле её носители могли быть самыми разными людьми: от ремесленников до бюргеров. Известный представитель — Михаэль Линденер (1520–1562), немецкий поэт и автор сборников шванков «Книжица для отдохновения» (1555) и «Катципори» (1558). Его творчество — яркий образец бюргерской литературы XVI века, что косвенно подтверждает: фамилия уже тогда была распространена среди городского сословия.

В России фамилия Линденер встречается редко, что неудивительно: это не адаптированная форма, а прямое заимствование немецкого написания. В отличие от фамилий на -ов или -ин, она не менялась под влиянием русской грамматики, и её носители, скорее всего, потомки немецких колонистов или специалистов, приглашённых в Россию в XVIII–XIX веках.