Фамилия Линюшина — это женская форма, мужской вариант — Линюшин. В основе фамилии лежит прозвище Линюша. Чаще всего его связывают со словом «линька» — процессом смены покровов у животных. В переносном смысле так могли прозвать человека с редкими или слабыми волосами. Есть и другая бытовая версия: Линюшей называли того, кто часто менял решения, был непостоянным, «линял» из одного мнения в другое.

Менее правдоподобна, но всё же встречается в словарях, версия о происхождении от слова «линь». В русском языке у него два основных значения: морской трос и вид рыбы. Если прозвище дали по первому значению, предок мог иметь отношение к морскому делу или судоходству. Если по второму — к рыболовству или торговле рыбой. Однако эта гипотеза слабее: прозвища от названий рыб обычно образовывались напрямую (Линь, Ерш, Окунь), а суффикс -юш- чаще встречается в уменьшительно-ласкательных формах от других основ.

Морфология фамилии проста: суффикс -ин (в женском роде -ина) указывает на принадлежность — «чей?» — то есть «дочь или жена Линюши». Сама основа Линюш- образована с помощью суффикса -юш-, который в русских прозвищах и некалендарных именах придавал оттенок ласкательности или уменьшительности. Таким образом, фамилия Линюшина буквально означает «принадлежащая Линюше», а сам Линюша — это человек, которого за глаза называли по характерной черте внешности или поведения.