Фамилия Липайкина — женская форма фамилии Липайкин, и её происхождение разгадывается через прозвище или имя предка. В основе лежит корень «лип-», который в русских фамилиях обычно указывает либо на дерево (липа), либо на глагол «липнуть» (приставать, льнуть). Скорее всего, прозвище Липайка дали человеку с навязчивым, «липким» характером, который не отставал от других. Такие прозвища на Руси были распространены: они описывали поведение, а не внешность.

Суффикс «-айк-» в фамилии редкий. Обычно фамилии образуются через суффиксы -ов/-ев, -ин, -ский. Форма на «-айка» встречается в северных и восточных говорах, особенно в Вятке, на Урале и в Сибири. Там прозвища на «-айка» (Липайка, Молчайка, Болтайка) были более живыми и неформальными, чем в центральной России. То есть фамилия Липайкин могла возникнуть в среде крестьян или ремесленников, которые давали друг другу меткие бытовые клички.

Не исключена и вторая версия: от имени Липа, которое было краткой формой от Филипп (через чередование Фи-Ли). В говорах имя Филипп превращалось в Липа, а от него через суффикс «-айка» образовалось ласкательное или пренебрежительное Липайка. Но эта версия слабее: чередование «Ф» в «Л» характерно для южных и белорусских говоров, а суффикс «-айк-» — для северных, что делает такое смешение маловероятным.

Фамилия Липайкина не из самых частых. Встречается в основном в бывших вотчинах Строгановых (Пермский край, Удмуртия) и в Вологодской области. В метрических книгах XIX века носители фамилии записаны как государственные крестьяне. Дворянского происхождения у неё нет — это чисто народная фамилия, образованная от прозвища, которое дали предку за его манеру «липнуть» к людям или, наоборот, за любовь к липовому мёду (в переносном смысле — к сладкой жизни).