Фамилия Липилин — пример того, как простое прозвище, связанное с повседневным занятием, закрепилось в родовом имени. В её основе лежит прозвище Липила, которое образовали от глагола «лепить». Скорее всего, так называли гончара — мастера, который «лепил» горшки из глины. Но возможен и другой бытовой контекст: строителя домов-мазанок, где стены «лепили» из глины с соломой. В народной речи могли дать такое прозвище и любителю хлебных лепёшек, которые пекли в печи или в золе.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Липилин буквально значит «сын Липилы» или «из семьи Липилы». Модель образования типична для русских фамилий, но сама основа — с чередованием е/и (лепить — Липила) — встречается реже, чем прямые варианты вроде Лепёхин или Лепков. Это делает фамилию заметной среди однокоренных.

Существует и другая, менее очевидная версия происхождения. Она связывает прозвище Липила со старославянским словом «лепо» — «красиво, любо, хорошо». В этом случае прозвище могло относиться к внешности или характеру человека: его называли «ладным» или «пригожим». Однако первая версия — ремесленная — выглядит правдоподобнее: прозвища по профессии давали чаще, чем по абстрактным качествам.

Точное время и место возникновения фамилии Липилин установить сложно. Как и большинство русских фамилий, она складывалась постепенно, в XV–XVII веках, когда прозвища переходили к детям и внукам. Встретить её можно в разных регионах, но с учётом связи с гончарным делом или строительством из глины — скорее в южных и центральных областях России, где была распространена мазанковая архитектура. Фамилия остаётся редкой и нечастотной, что только подчёркивает её локальный, «домашний» характер.