Фамилия Липкунские (в исходной форме — Липкунский) образована от прозвища Липкун. Чаще всего его связывают с глаголом «липнуть» — «приставать, приклеиваться». Скорее всего, Липкуном называли назойливого, любознательного человека, который во всё вникал. У В. И. Даля встречается и слово «липок» — липкая мазь, которой карточные шулеры скрепляли две карты, чтобы при необходимости вскрыть нужную. Если прозвище пошло от этого, основатель рода Липкунских знал карточные хитрости и был азартным человеком.

Менее вероятна версия, что фамилия связана с городом Олонецк, который раньше называли Липунец или Липунок. Тогда предок Липкунских мог быть коренным жителем тех мест, а фамилия указывала бы на его происхождение.

Суффикс -ский в этой фамилии — русского происхождения. Такие фамилии обычно носили дворяне или духовенство, но со временем они распространились и среди других сословий, особенно на западе и юге России, а также в Беларуси и на Украине. Точное время и место возникновения фамилии Липкунские сейчас установить сложно: процесс формирования фамилий был долгим и зависел от множества местных причин. Сама фамилия — живой след народной речи и прозвищной традиции.