Фамилия Лищишена — редкий случай, когда форма сразу указывает на географию и социальный контекст. Окончание -ена, а не стандартное -ин, выдает южнорусское или украинское происхождение. В русском языке притяжательные прилагательные от женских основ обычно дают фамилии на -ин (Мария — Марьин), а форма на -ена характерна для украинской и белорусской традиции, где она могла закрепиться в документах при русификации.

Основа фамилии — прозвище Лищиш или Лищиша. Его корень — «лис» или «лищить» (диалектное: кричать, визжать, или же от «лис» — хитрый, льстивый человек). В украинском языке «лищити» означало «льстить», «угождать», а «лищиця» — льстец. Таким образом, прозвище могло достаться человеку с характером: либо хитрому и изворотливому, либо, наоборот, крикливому и суетливому. Версия с «лысым» (лысина) маловероятна: фамилии на -ищ- обычно образуются от глагольных или качественных основ, а не от прилагательных.

Суффикс -ищ- в основе — увеличительный или пренебрежительный, как в словах «домище», «бородища». Это указывает на то, что прозвище было не нейтральным, а эмоционально окрашенным: «Лищиша» — это «большой льстец» или «тот, кто сильно лищит». Такие прозвища давали в сельской общине, часто с насмешкой.

Фамилия крайне редкая. Поиск по открытым базам данных показывает единичные случаи — в основном в Черниговской и Сумской областях Украины, а также среди переселенцев в Сибири и на Дальнем Востоке. Это подтверждает южнорусское происхождение: носители, скорее всего, потомки украинских или белорусских крестьян, которые получили фамилию при переписях XVIII–XIX веков. Сословная принадлежность — почти наверняка крестьянство или казачество: дворянские фамилии с таким корнем не фиксируются.

В написании возможны варианты: Лищишенко (с типичным украинским суффиксом -енко) или Лищишин (с окончанием -ин). Форма Лищишена могла возникнуть при записи в русских метрических книгах: священник или писарь переделал украинское окончание на «более грамотное» -ена.