Фамилия Лишкунова — женская форма фамилии Лишкунов, а та, скорее всего, образована от прозвища или нецерковного имени Лишкун. Основа здесь — корень «лиш-», который в русских говорах имел несколько значений, и разобраться в них — ключ к происхождению.

Самая прямая версия: «лишкун» — человек, который «лишкует», то есть делает что-то сверх меры, перебарщивает. В северных и сибирских диалектах слово «лишку» означало «слишком», «чрезмерно». Прозвище Лишкун могли дать либо неуёмному, неумеренному в еде или работе человеку, либо, напротив, тому, кто постоянно жаловался на излишки или лишения — смысл зависел от контекста.

Менее очевидный, но возможный вариант: связь с «лихой» в значении «злой», «удалой», «ловкий». В некоторых говорах «лишкун» могло быть вариантом слова «лихач» — смельчак, задира. Однако фонетически это менее убедительно, так как «лиш-» и «лих-» в русском языке обычно не смешиваются в одной модели.

Суффикс «-ун» в фамилии типичен для прозвищ, образованных от глагольных основ (ср. Болтун, Говорун, Хвастун). Он указывает на деятеля, носителя характерного признака. Таким образом, Лишкун — это человек, которого окружающие охарактеризовали через его «лишковатость»: либо он всегда норовил взять больше, чем нужно, либо делал всё с избытком.

Фамилия Лишкунова — не самая распространённая, но встречается в нескольких регионах, в том числе в бывших новгородских землях и на Урале, где диалектные слова с корнем «лиш-» сохранялись дольше. Сословно предки могли быть как крестьянами, так и посадскими людьми — прозвищная модель не даёт точной привязки к какому-то одному слою.

В написании фамилии есть одна особенность: ударение, скорее всего, падает на второй слог — ЛишкУнова, что подтверждается типичной для русских фамилий моделью (ср. БолтУнов, ХвастУнов). Если бы ударение было на «и», фамилия звучала бы как ЛИшкунова — но такой вариант встречается реже и может указывать на иное происхождение, например, от имени Лишко (уменьшительное от какого-либо полного имени).