Фамилия Лишкунов — один из тех случаев, когда за привычным суффиксом -ов скрывается неочевидная основа. С первого взгляда кажется, что корень здесь «лишк-», но это не так. В основе лежит древнерусское нецерковное имя или прозвище Лишкун, а суффикс -ун указывает на деятеля или носителя признака. Модель образования типична для северных и центральных областей России: от прозвища на -ун (ср. Говорун, Молчун) через притяжательное прилагательное к фамилии.

Прозвище Лишкун, скорее всего, образовано от прилагательного «лишний» в значении «излишний, ненужный, сверх меры». В народной среде так могли назвать лишнего, седьмого или десятого ребёнка в семье, которого считали «лишним ртом». Либо — человека, который постоянно оказывался не к месту, мешал, был «пятым колесом». Есть и другая версия: в некоторых говорах «лишкун» означало «тот, кто берёт лишку, хапуга», но она менее вероятна, так как прозвища с таким прямым негативом давали редко — скорее в шутку или с иронией.

Фамилия Лишкунов — довольно редкая. Встречается преимущественно в Поволжье (Нижегородская, Кировская области) и на Урале, что косвенно подтверждает её севернорусское происхождение: именно там были распространены прозвища на -ун и фамилии на -ов. В дореволюционных метрических книгах носители фамилии записывались как крестьяне и мещане, без дворянских корней.

Однокоренные фамилии — Лишков, Лишневский, Лишняк — образованы от тех же корней, но с другими суффиксами. Лишкунов стоит особняком именно благодаря суффиксу -ун, который придаёт прозвищу оттенок активного действия или свойства: «тот, кто лишний». Это не просто констатация факта, а характеристика человека, закреплённая в имени.