Фамилия Лишкин — одна из тех, где за простым звучанием скрывается неочевидная основа. Сразу же бросается в глаза суффикс -ин, который в русских фамилиях указывает на принадлежность: «чей?» — Лишкин, то есть сын или потомок Лишки. Вопрос в том, что такое «Лишка».

Самая прямая версия — это уменьшительная форма от крестильного имени. В дореволюционной России было распространено имя Лисий (календарная форма Елисей), и от него в народной среде легко могли образовать ласкательные варианты: Лиска, Лиша, а затем и Лишка. По этой модели фамилия Лишкин означала бы «потомок Лишки», то есть человека, которого в быту звали уменьшительным от Елисея. Это логично и типично для русской антропонимии: десятки фамилий образованы от таких сокращений (Тишкин от Тимофей, Мишкин от Михаил).

Вторая версия, менее очевидная, но имеющая право на существование, — прозвищная. Слово «лишка» в некоторых русских говорах означало «излишек», «лишнее». Прозвище Лишка могли дать человеку, который был, например, лишним в семье (поздний ребёнок) или отличался какой-то чрезмерностью в поведении. Однако эта версия слабее: прозвища со значением «лишний» обычно образовывались иначе (Балаш, Балбес), и форма «Лишка» для такого смысла нехарактерна. Большинство ономастов склоняются к первой, антропонимической версии.

Интересная деталь: фамилия Лишкин встречается не только в центральной России, но и на Украине, в частности в Полтавской и Черниговской губерниях. Там имя Лишко (с ударением на первый слог) бытовало как самостоятельная форма от того же Елисея, а также иногда как вариант от имени Илья (Ильюша — Лиша — Лишко). Таким образом, фамилия Лишкин может иметь южнорусские или малороссийские корни, что стоит учитывать при поиске своих предков.

По своему происхождению это типичная «патронимическая» фамилия, то есть образованная от имени отца. Владельцы такой фамилии в большинстве своём были крестьянами или мещанами — дворянских родов Лишкиных в истории не зафиксировано. Словообразовательная модель (суффикс -ин) указывает на то, что фамилия сформировалась в среде, где родовые прозвания закреплялись в XVI–XVII веках, хотя сама основа могла быть и более древней.