Фамилия Лишковский — типичный представитель группы фамилий, образованных от географических названий с помощью суффикса -ский. Такая модель была особенно распространена в Польше, на западе современной Беларуси и Украины, а также среди шляхты и духовенства. Суффикс -ский указывал на принадлежность к местности, владению или приходу, то есть предок человека с такой фамилией, скорее всего, был либо выходцем из населенного пункта Лишково (или Лишковичи, Лишков), либо владел землей в таком месте.

Корень «Лиш-» — самый спорный элемент. Самое вероятное объяснение: он восходит к древнерусскому или польскому прозвищу Лишко, которое, в свою очередь, могло означать «лишний», «чужой» или «оставшийся сверх меры». В старину так могли назвать позднего, нежданного ребенка в семье или человека, которого считали обузой. Менее распространенная версия связывает основу с диалектным словом «лиш» — лесной овраг или болотистая низина (в некоторых западных говорах). Тогда Лишковский — человек, живущий у такого оврага.

С точки зрения словообразования, фамилия прошла двухступенчатую цепочку: сначала от прозвища Лишко образовалось название поселения Лишково (или Лишки), а уже от названия этого поселения — фамилия Лишковский. Если бы фамилия была образована напрямую от прозвища, она звучала бы как Лишков, а не Лишковский. Поэтому географическая версия — основная.

Регионально фамилия тяготеет к западнорусским землям. Наибольшая концентрация носителей исторически фиксируется на территории современной Беларуси (особенно в Гродненской и Брестской областях) и в восточной Польше. В Российской империи такие фамилии часто встречались среди мелкопоместной шляхты, которая после разделов Речи Посполитой переходила в крестьянское или однодворческое сословие.

Таким образом, Лишковский — это «фамилия-топоним», указывающая на конкретное место происхождения. Предок мог быть шляхтичем из имения Лишково или крестьянином, переселенным из деревни с таким названием. В любом случае, фамилия говорит о связи с определенной местностью, а не с родом занятий или внешностью.