Фамилия Лышковский — одна из тех, где на первый взгляд всё ясно, но при ближайшем рассмотрении открывается несколько разных путей. Она образована по типичной для восточнославянских фамилий модели с суффиксом -ский, который изначально указывал на принадлежность к местности или владельцу поместья. Поэтому первый и самый вероятный вариант: предок носителя фамилии был выходцем из населённого пункта с названием Лышково или Лышков. Такие топонимы встречаются в Беларуси и западных областях России. Если это так, то фамилия отвечала на вопрос «откуда родом?» и закреплялась за человеком, переселившимся в другую местность.

Однако основа Лышк- не так прозрачна, как кажется. В ней может скрываться либо адаптация личного имени, либо прозвище. В белорусском и польском языках есть слово «łyszka» — диалектное название ложки или черпака. Прозвище Лышка могли дать мастеру, делавшему ложки, или человеку с какой-то характерной чертой, напоминающей этот предмет. Менее распространённая, но возможная версия связывает корень с глаголом «лыскать» (блестеть, сверкать) — в этом случае прозвище могло относиться к человеку с яркой внешностью или весёлым нравом.

Интересно, что фамилия Лышковский встречается в основном среди потомков шляхты Великого Княжества Литовского. Суффикс -ский в XVI–XVII веках был особенно популярен именно в этой среде, часто обозначая владельческий статус. Получается, что предок мог быть не просто выходцем из Лышкова, а владельцем такого имения — то есть мелким шляхтичем. Впрочем, со временем фамилия распространилась и среди крестьян, особенно после отмены крепостного права, когда многим бывшим дворовым давали фамилии по названиям поместий их бывших господ.

В написании фамилии нередко встречается вариант Лышковский с твёрдым «ы» — это норма для русского уха, хотя в польском аналоге (Łyszkowski) корень звучал бы иначе. Сравните с однокоренными фамилиями Лышкин, Лышко — они проще по структуре и, скорее всего, произошли напрямую от прозвища, минуя топонимическую ступень. Лышковский же сохраняет ту самую «дворянскую» огласовку, которая нередко вводит в заблуждение: не всякий Лышковский — потомок шляхтича, но почти каждый обязан своей фамилией либо конкретной деревне, либо прозвищу, которое в ней дали.