Фамилия Лишковы (в мужском роде — Лишков) в своей основе, скорее всего, имеет не церковное имя, а древнее мирское прозвище. Наиболее вероятная версия связывает её с просторечной формой имени Лешак, то есть леший. В дохристианской традиции такие «охранительные» имена давали детям, чтобы обмануть нечистую силу: считалось, что злой дух не тронет того, кто уже назван его именем. Таким образом, называя ребёнка Лешаком, родители надеялись защитить его от бед.

Фамилия Лишков — это, по сути, фонетический вариант более распространённой фамилии Лешков. Переход «е» в «и» в корне («Лешак» → «Лишков») мог произойти из-за особенностей местного говора (так называемое «яканье» или «иканье») или при записи фамилии малограмотным писцом. Менее убедительно выглядит версия, возводящая фамилию к наречию «лишку» (то есть «сверх меры»), — такие прозвища по качеству или количеству чего-либо встречаются, но для данной фамилии они менее типичны.

В отличие от многих фамилий на -ов, образованных от крестильных имён (вроде Александр или Алексей), Лишковы происходят из среды, где ещё живы были языческие обереги и вера в силу имени. Суффикс -ов указывает на принадлежность: «Лишков» означало «сын Лишка» (где Лишок — просторечная форма от Лешака). О точном месте возникновения фамилии судить сложно, но процесс её закрепления шёл в XVI–XVII веках, когда формировалось большинство русских фамилий. Сегодня это редкий, но выразительный памятник народной ономастики, сохранивший отголосок древних верований.