Фамилия Лишкина — женская форма, а её мужской вариант — Лишкин. Она принадлежит к распространённому типу русских фамилий на -ин, которые образованы от имён или прозвищ, оканчивающихся на -а/-я. В основе здесь лежит имя Лишка — это не что иное, как уменьшительно-ласкательная форма от целого ряда крестильных имён. Чаще всего так в быту называли человека с именем Ликей (греческое «волчий»), Алексий (Алексей) или даже Илья. В русской народной традиции имена вроде Лишка, Тишка, Мишка были обычной повседневной формой, от которой потом и пошла фамилия.

Версия с прозвищем менее вероятна, но не исключена. В некоторых говорах «лишка» или «лишний» могло означать «излишний», «добавочный» — так могли прозвать, например, позднего, нежданного ребёнка в семье. Однако в ономастике принято сначала проверять гипотезу об имени, а потом уже о прозвище: имя Лишка куда более типичный источник для фамилии, чем нарицательное слово.

С точки зрения словообразования фамилия Лишкин — классический пример «матронимической» или, точнее, «универсальной» модели: суффикс -ин присоединялся к основе, оканчивающейся на согласный или -а. Никакой редкой морфологии здесь нет, зато есть интересный момент: фамилия могла возникнуть в разных регионах независимо, везде, где было в ходу имя Ликей или его просторечная форма Лишка. Географически фамилия встречается в центральных областях России, а также в Поволжье, что подтверждает её «имянной» характер — крестильные имена были общераспространёнными.

Социальный контекст прост: фамилия Лишкин, скорее всего, крестьянская или мещанская. В дворянской среде такие «простые» фамилии на -ин встречались реже, а вот в среде посадских людей и крестьян — сплошь и рядом. Известных носителей фамилии в истории немного, что тоже говорит в пользу её массового, «народного» происхождения: это фамилия не одного знатного рода, а множества разрозненных семей, чьи предки когда-то носили имя Лишка.