Фамилия Лишунова — женская форма мужской фамилии Лишунов, и её происхождение стоит искать в прозвище или имени, от которого образована основа «Лишун». В отличие от более распространённых фамилий на -ов/-ев, здесь мы видим суффикс -ун, который в русском языке часто указывал на носителя действия или характерного признака. Сравните: говорун, крикун, молчун. Соответственно, Лишуном могли прозвать человека, который имел привычку «лишать» — то есть отнимать, обделять, или же того, кто сам был «лишним», не вписывался в общину.

Слово «лишний» в древнерусском языке имело более широкий смысл, чем сейчас. «Лишним» могли назвать младшего сына, которому не доставалось наследства, или пришлого человека, у которого не было своей доли в общинном хозяйстве. В этом случае прозвище Лишун носило социально-бытовой оттенок и не обязательно было обидным — скорее констатировало положение. Реже в основе могло лежать древнее нецерковное имя Лиш, которое давали как оберег: считалось, что имя с негативным значением оттолкнёт злых духов.

С точки зрения географии, фамилия Лишунов (и Лишунова) — редкая, сконцентрированная преимущественно в центральных и южных регионах России, особенно в Воронежской, Ростовской областях и на Кубани. Это указывает на то, что фамилия, скорее всего, оформилась не в среде высшего дворянства, а среди крестьян или однодворцев — свободных землевладельцев южных окраин. Суффикс -ов в мужской форме стандартен для русских фамилий, образованных от прозвищ на согласный, и указывает на принадлежность роду Лишуна.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Лишнев, Лишняк, Лишнов — подтверждает, что все они восходят к тому же корню «лиш-», но с разными суффиксами. Лишунова — самая редкая из этого ряда, что может говорить о локальном бытовании прозвища в одной конкретной местности. Если ваш предок носил эту фамилию, он, вероятно, был человеком с непростой судьбой — либо «лишним» в своей семье, либо тем, кто брал на себя роль «отнимающего», что в условиях сельской общины могло означать строгого хозяина или сборщика податей.