Фамилия Лишунин — один из тех случаев, когда корень слова почти не поддаётся однозначной расшифровке, зато суффикс и модель образования рассказывают почти всё. Это типичная русская фамилия на -ин, то есть образованная от основы, оканчивающейся на -а или -я (Лишуня → Лишунин). Формант -ин в русских фамилиях чаще всего означал «чей?»: сын, потомок, человек из семьи такого-то. Значит, предка звали Лишуня.

Сам корень — спорный. Первое, что приходит в голову: глагол «лишить» или «лишаться». В диалектах и старых говорах «лиша» могло означать человека, который чего-то лишён, обделён судьбой, или, наоборот, того, кто сам лишает — обидчика, обманщика. Прозвища такого рода были нередки: Лишня, Лишай, Лишной. Однако в фамилии Лишунин мы видим не просто корень «лиш-», а суффикс -ун-. В русском языке -ун — активный суффикс, образующий названия лиц по действию (бегун, говорун, ворчун). Следовательно, Лишуня — это не просто «лишённый», а скорее «тот, кто лишает» или «любитель лишить». Прозвище могло закрепиться за человеком скупым, жадным, или, напротив, за тем, кто в спорах и тяжбах постоянно «лишал» других их прав или имущества. Вполне возможно, что это прозвище имело иронический оттенок — так могли назвать человека, который сам постоянно всего лишался, «лишуня» в значении «неудачник».

Есть и более прозаичная версия. В некоторых говорах «лиша» — это то же, что «лишай» (кожное заболевание). Суффикс -ун- мог придать прозвищу оттенок обладателя признака: Лишуня — человек, покрытый лишаями. Но такая версия менее вероятна: прозвища по внешним недостаткам обычно образовывались проще (Лысой, Хромой, Косой) и редко получали такой сложный суффикс.

С географической точки зрения фамилия редкая и не привязана к какому-то одному региону. Встречается в основном на севере и северо-востоке европейской части России, что косвенно подтверждает её диалектное происхождение. В документах XVII–XVIII веков фамилия не фиксируется, что говорит о её относительно позднем закреплении — скорее всего, в XIX веке, когда прозвища окончательно превращались в наследственные фамилии.

Итак, наиболее правдоподобная версия: Лишунин — потомок человека, которого в деревне прозвали Лишуней за то, что он либо сам постоянно чего-то лишался, либо, напротив, отличался склонностью «лишать» других. В любом случае, корень фамилии — не имя, а живое диалектное прозвище с яркой эмоциональной окраской.