Фамилия Лишун — редкий случай, когда прозвище стало фамилией без типового суффикса, а почти в чистом виде. В русской ономастике это называется «прозвищная фамилия»: основой послужило слово, которое и стало фамилией, без добавления -ов, -ев или -ин. Такие фамилии чаще встречались на Украине и в Белоруссии, где закрепилась модель «прозвище = фамилия».

Корень «лиш-» напрямую связан с прилагательным «лишний». В старину так могли назвать человека по разным причинам: седьмого, десятого ребёнка в семье, которого считали лишним ртом; пришлого, не вписавшегося в общину; или просто того, кто постоянно оказывался не у дел. В говорах «лишун» могло означать и «бездельник», «тунеядец» — того, кто лишний за столом или в работе.

Суффикс -ун характерен для русских прозвищ, образованных от глаголов и прилагательных: «бегун», «говорун», «крикун». В случае с «лишун» он указывает на лицо, наделённое качеством, выраженным корнем. То есть Лишун — буквально «лишний человек», «тот, кто лишний». Такая модель образования прозвищ была продуктивной в XV–XVII веках, особенно в северных и центральных русских землях, но в фамилию без изменений она превращалась редко.

Географически фамилия Лишун встречается в основном на западе России и в восточной Белоруссии — в Смоленской, Брянской, Могилёвской областях. Это совпадает с зоной, где украинское и белорусское влияние смешивалось с русским, и где прозвищные фамилии без суффиксов держались дольше. Встречается и вариант Лишунов — уже с типовым русским суффиксом, что говорит о «обрусении» исходной формы при переезде в другие регионы.

Сословно предки Лишунов, скорее всего, были крестьянами или посадскими людьми. Фамилия не встречается в дворянских родословных книгах. Прозвище «лишний» — не обидное в бытовом смысле, а скорее фиксирующее: так звали человека, чтобы отличить от других, часто с иронией или без злого умысла.