Основой фамилии Лишутин послужило мирское имя Лишута. Мирское имя Лишута происходит от слова «лишний». В старину в многодетных неимущих семьях зачастую родителям было трудно прокормить всех детей. Поэтому очередной новорожденный мог оказаться для отца и матери «лишним». В этом случае ребенку могли дать внутрисемейное Лишута. По другой версии, Лишута является уменьшительной формой таких крестильных имен, как Александр (в переводе с греческого – «защитник людей»), Алексей («защитник») или Илья («божья сила»). Таким образом, потомок человека, обладающего именем Лишута, со временем получил фамилию Лишутин.