Фамилия Лишутин образована от мирского имени Лишута, которое, скорее всего, связано со словом «лишний». В крестьянских семьях, где детей было много, а прокормить их трудно, новорождённого могли назвать Лишутой — не от хорошей жизни, а как отражение тяжёлого положения: очередной ребёнок оказывался «лишним» ртом.

По другой версии, Лишута — это уменьшительная форма крестильных имён Александр (в переводе с греческого — «защитник людей»), Алексей («защитник») или Илья («божья сила»). Такое сокращение не редкость: в народной среде длинные имена укорачивали до одного-двух слогов, добавляя суффикс -ут(а). В этом случае Лишута — не прозвище, а ласковое внутрисемейное имя, которое потом закрепилось как фамильное.

Суффикс -ин в фамилии Лишутин указывает на принадлежность: «чей?» — Лишутин, то есть сын или потомок Лишуты. Такая модель типична для русских фамилий, образованных от имён и прозвищ, оканчивающихся на -а.

Какая из двух версий правдоподобнее? Первая — от слова «лишний» — объясняет фамилию напрямую, без дополнительных допущений. Вторая требует, чтобы имя Лишута было сокращением от Александр или Алексей, что возможно, но менее очевидно. В любом случае фамилия Лишутин — одна из тех, что сохранила память о прозвище или домашнем имени, которое уже много веков как вышло из обихода.