Фамилия Лишута — одна из тех, где за простым звучанием скрывается неочевидная история. В основе фамилии, скорее всего, лежит нецерковное имя, которое было популярно в русских деревнях. Его выводили сразу из нескольких крестильных имён: Александр (с греческого — «защитник людей»), Алексей («защитник») или Илья («божья сила»). Все три имени давали уменьшительную форму «Лишута» через народное переосмысление и усечение основы. Такая модель образования — когда длинное имя сокращали до одного-двух слогов и добавляли суффикс -ут(а) — встречается в фамилиях Мишута (от Михаил), Ванюта (от Иван) и других. Суффикс -ут(а) в белорусской и западнорусской традиции часто указывал на ласкательное или семейное прозвище.

Существует и альтернативная версия, но она менее правдоподобна. Согласно ей, фамилия могла произойти от «охранительного» имени Леший, а точнее от его просторечной формы Лешута. В древности родители давали детям такие «отпугивающие» прозвища, чтобы обмануть злых духов: мол, ребёнок не человек, а лесной дух, и забирать его не надо. Чередование Е/И (Лешута → Лишута) объясняется историческими изменениями в языке, когда безударные гласные смещались под влиянием акающих говоров. Однако против этой версии говорит то, что форма «Лишута» встречается в основном в южнорусских и белорусских областях, где аканье было слабее, а имя Леший в качестве основы для фамилий — редкость.

Сама фамилия Лишута — нечастая. Она не попала в списки массовых дворянских или купеческих родов, а значит, её носители были в основном крестьянами или мещанами. Географически фамилия тяготеет к западу и югу России, а также к Беларуси. Встречается и вариант Лишуто (с ударением на последний слог) — в нём прослеживается влияние украинской или белорусской ономастики, где суффикс -ут(о) закрепился как фамильный показатель.

Что касается написания: в дореволюционных метрических книгах фамилию могли записывать как Лишута, Лѣшута или даже Лешута — путаница с буквой «ять» и безударными гласными была обычным делом. Но современная орфография закрепила вариант через «и». Если вы носитель этой фамилии, то, скорее всего, ваши предки носили имя Александр, Алексей или Илья, а фамилию получили по отцу — через ласкательное прозвище, которое со временем стало родовым.