Фамилия Лишутина образована от мирского имени Лишута. В основе этого имени лежит слово «лишний»: в многодетных и небогатых семьях, где прокормить всех детей было трудно, очередного новорождённого могли назвать Лишутой, надеясь таким образом символически «остановить» процесс деторождения. Такие охранительные имена — распространённая древнерусская традиция.

Однако есть и другая версия. Лишута могла быть уменьшительной или производной формой крестильных имён Александр (с греческого — «защитник людей»), Алексей («защитник») или Илья («божья сила»). В этом случае имя, ставшее основой фамилии, теряет связь с «лишним» и восходит к христианским канонам. Какая из версий верна для конкретного рода — сказать сложно, но обе имеют право на существование.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Лишутина — «дочь (или жена) Лишуты». Такая модель типична для русских фамилий, образованных от имён и прозвищ, оканчивающихся на -а или -я. По сословной принадлежности основатель рода Лишутиных, скорее всего, был человеком из простого сословия — крестьянином или посадским, поскольку мирские имена у дворян и духовенства встречались реже.

Сама фамилия Лишутина — не самая распространённая, что неудивительно для имени с таким значением: «лишних» детей в семьях было немного, да и не каждому давали такое имя. Встречаются однокоренные фамилии — Лишутин, Лишутинов, — все они восходят к той же основе.