Фамилия Лишутин образована от имени собственного и относится к распространённому типу русских фамилий. Основой послужило мирское имя Лишута. В старину в многодетных неимущих семьях родителям было трудно прокормить всех детей, поэтому очередной новорождённый мог оказаться «лишним». Ребёнку давали внутрисемейное имя Лишута — от слова «лишний». Это характерный пример «профилактического» имени: считалось, что если назвать ребёнка так, злые духи не позарятся на «лишнего» члена семьи.

По другой версии, Лишута — уменьшительная форма крестильных имён Александр, Алексей или Илья. Здесь работает модель сокращения: Александра или Алексея в быту могли называть Лексой, Лёшей, а далее — через звуковой переход — Лёшей или Лишей, что дало форму Лишута. Вторая гипотеза менее убедительна: в говорах такое стяжение встречается редко, а прямое значение «лишний» для мирского имени — хорошо задокументированный факт в русской ономастике.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Лишутин буквально значит «сын Лишуты» или «человек из рода Лишуты». Модель на -ин типична для фамилий, образованных от имён и прозвищ на -а/-я. О точном месте и времени возникновения фамилии говорить сложно: процесс формирования фамилий у крестьян растянулся до XIX века. Однако фамилия Лишутин — замечательный памятник славянской письменности и культуры, сохранивший следы древних имён-оберегов и бытовой логики наших предков.