Фамилия Лигута — редкий случай, когда прозвище сохранилось практически без изменений, не обросло типовыми суффиксами вроде -ов или -ин. Её основа — южнорусское или украинское слово «лигута», которое в диалектах означало человека невысокого роста, приземистого и плотного. В некоторых говорах так называли и упрямого, неподатливого человека — того, кто «гнётся, но не ломается». Корень здесь тот же, что и в глаголе «лигать» (сгибать, гнуть), родственном литовскому lenkti — гнуть.

Словообразовательная модель проста и архаична: фамилия образована напрямую от прозвища с суффиксом -ут(а), который в восточнославянских языках придавал слову оттенок характерности или увеличительности (сравните «горбута», «толкута»). Такие прозвища нередко становились фамилиями у казаков и крестьян юга России и Украины, где сохранялась традиция бессуффиксных фамилий (наряду с типичными на -енко). В украинском антропонимиконе фамилия Лигута встречается чаще, чем в русском, особенно в Черкасской и Полтавской областях.

География бытования подсказывает и социальный контекст. Носители фамилии — потомки не дворян и не духовенства, а свободных или вольных людей: казаков, однодворцев, государственных крестьян. В ревизских сказках XIX века Лигуты фигурируют в основном в малороссийских губерниях. Это не фамилия переселенцев-старообрядцев, а локальное прозвище, закрепившееся на конкретной территории.

Версия о связи с литовским словом lìguti (просить, умолять) маловероятна: она не объясняет ни суффикса, ни диалектного значения. Куда правдоподобнее, что перед нами — прозвище по внешности или характеру, которое в XIX веке закрепилось как фамилия и дошло до нас в первоначальной форме.