Прозвище Лишуга, скорее всего, восходит к прилагательному «лихой». Лихими в старину называли бойких, удалых, смелых и решительных людей. Поэтому данное прозвище могло указывать на черты характера и особенности поведения предка. Также не исключено, что фамилия Лишуга представляет собой застывшую форму дохристианского охранительного имени, связанного со словом «лихо» — «горе, беда». Кроме того, возможно, что имя Лишуга восходит к словам «лишний», «лишку». Такое имя мог получить ребёнок из многодетной семьи. Таким образом, имя было призвано остановить процесс деторождения.

Суффикс «-уга» в этой фамилии — редкая и показательная деталь. Он придаёт основе уменьшительно-ласкательный или, наоборот, пренебрежительный оттенок, характерный для северных и северо-западных русских говоров (сравните: «бабуга», «дедуга»). Если бы фамилия образовалась в центральных или южных землях, суффикс, скорее всего, был бы другим — например, Лишко или Лихач. Значит, географически предки Лишуги, вероятно, происходили из новгородских или псковских краёв, где такие модели прозвищ были распространены.

Из трёх версий самая правдоподобная — первая, от «лихой». Охранительные имена с корнем «лихо-» (Лихой, Лихов) действительно встречались, но они обычно имели более прямую форму. Версия с «лишним» ребёнком тоже возможна, но она опирается на звуковое совпадение, а не на типичную словообразовательную модель: от слова «лишний» чаще образовывали прозвища Лишня, Лишак, а не Лишуга. Поэтому прозвище Лишуга, скорее всего, описывало удалого и смелого человека — того, кто не боялся идти напролом.