Фамилия Лисникова — женская форма, а её мужской вариант Лисников. Разбирать её стоит не с корня, а с редкого суффикса, который сразу выдаёт происхождение: -ник- в основе фамилии — это не уменьшительная форма, а указание на род занятий или место. В русских фамилиях суффикс -ник- встречается реже, чем -ов/-ев, и почти всегда привязан к прозвищам или профессиям: Мельников, Плотников, Скорняков. Лисников — из того же ряда, но с одним отличием: основа «лис-» может указывать не только на зверя, но и на хитрость как черту характера.

Самая прямая версия: прозвище Лисник или Лисников дали человеку, который промышлял лис — охотился на них, ставил капканы, знал повадки. В северных и центральных губерниях России лисоводство и пушной промысел были обычным делом, и фамилия могла закрепиться за охотником или скорняком, работавшим с лисьим мехом. Менее вероятно, но возможно, что Лисником называли хитрого, изворотливого человека — тогда фамилия перешла в разряд характеристических, как Хитров или Лукавцев.

Форма на -ов указывает на принадлежность: Лисников буквально означал «сын Лисника» или «из семьи Лисника». В документах XVII–XVIII веков встречаются однокоренные фамилии Лисов, Лисин, Лисенков, но Лисников выделяется именно суффиксом -ник-, который в крестьянской среде чаще фиксировал профессию, чем внешность. Если искать географическую привязку, то фамилия Лисниковых встречается в старых переписях Вологодской и Костромской губерний — регионах, где пушной промысел был развит.

Стоит упомянуть и редкую альтернативу: в некоторых говорах «лисник» могло означать не охотника, а место, где водятся лисы, — логово или нору. Тогда прозвище могло закрепиться за человеком, жившим у такого места, но эта версия слабее: топонимические прозвища обычно образуются через суффикс -ск- (Лисовский), а не -ник-. Так что охотничья версия остаётся основной. Фамилия недворянская, нечастотная, но хорошо сохранившаяся именно в северных областях.