Фамилия Лисогубенко — яркий пример украинской модели образования фамилий на -енко, которая в XVII–XVIII веках была распространена в среде казацкой старшины и крестьянства Левобережной Украины. Суффикс -енко буквально означает «сын» или «потомок», поэтому исходное значение — «сын Лисогуба». Основа здесь — прозвище Лисогуб, которое разбирается на две части: «лис» и «губ(а)». Это сразу указывает на то, что прозвище носило описательный характер и, скорее всего, было дано за хитрость (лис — символ ума и лукавства) или за внешность (например, за необычную форму или цвет губ, напоминающих лисьи). Однако есть и вторая, менее очевидная версия: в украинских говорах «лис» могло означать не только животное, но и плешь, лысину. Тогда Лисогуб — это человек с лысиной и, скажем, пухлыми или тонкими губами. Но первая трактовка, основанная на звериной метафоре, встречается в ономастических источниках чаще, так как прозвища по животным — один из древнейших типов славянских именований.

Географически фамилия Лисогубенко тяготеет к Полтавщине и Черниговщине — регионам, где фамилии на -енко особенно массово закрепились в реестрах казацких полков. В XIX веке носители фамилии встречались и в южных губерниях Российской империи, куда переселялись украинские крестьяне. Интересно, что прозвище Лисогуб фиксируется в исторических документах ещё до появления фамилий: так, в реестре Войска Запорожского 1649 года упоминается казак Лисогуб. Это значит, что фамилия могла возникнуть не от одного человека, а от разных семей, получивших одинаковое прозвище независимо друг от друга. Поэтому Лисогубенко — не обязательно потомки одного родоначальника; это скорее указание на общего предка с характерным прозвищем.

С точки зрения социального контекста, фамилии на -енко редко принадлежали дворянству (хотя исключения были, особенно среди старшины). Лисогубенко — типичная фамилия сельского населения: казаков, мещан, а позже и крестьян. В советское время она не подвергалась русификации, так как суффикс -енко органично вошёл в общерусский обиход. Сегодня её можно встретить как на Украине, так и в России, особенно в областях, граничащих с исторической Гетманщиной.