Фамилия Лисюшкин — типичный пример того, как редкая модель словообразования может многое рассказать о происхождении. В отличие от массовых фамилий на -ов и -ин, здесь работает суффикс -ушк- (-юшк-), который в русских фамилиях встречается нечасто. Этот суффикс обычно придаёт слову уменьшительно-ласкательный или пренебрежительный оттенок. В основе фамилии лежит не имя, а прозвище Лисюшка — производное от «лиса» или «лис». Прозвище могли дать хитрому, льстивому человеку либо рыжему, с огненным оттенком волос. В некоторых говорах «лисой» называли пронырливого, изворотливого мужика, который всегда умел выкрутиться.

Географически фамилия Лисюшкин тяготеет к южнорусским и поволжским областям. В переписях XIX века носители встречаются в Тамбовской, Саратовской, Воронежской губерниях. Это указывает на крестьянское происхождение: прозвища там были живучими и часто переходили в фамилии без участия церкви. Дворянских родов Лисюшкиных не зафиксировано — фамилия оставалась в простонародье.

Если разбирать словообразовательную цепочку: прозвище Лисюшка (от «лис» + -юшк-) → фамилия Лисюшкин. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Лисюшкин, то есть сын или потомок Лисюшки. Такая модель характерна для фамилий, образованных от прозвищ на -а/-я. Кстати, ударение в фамилии, скорее всего, падает на второй слог: Лисю́шкин, хотя в устной речи встречаются варианты.

Сравнение с однокоренными фамилиями даёт дополнительную картину. Лисов, Лисицын, Лисенков — все они от одного корня, но Лисюшкин стоит особняком из-за суффикса. Если «Лисицын» — прямая отсылка к зверю, то Лисюшкин звучит более лично: прозвище было обращено к конкретному человеку, а не к его внешнему сходству с животным. Возможно, в основе лежало имя Лис — от дохристианского личного имени, которое давали по тотему или для защиты от злых сил. Такая практика была у славян: называли ребёнка Волком, Медведем, Лисом, чтобы обмануть нечистую силу. Но версия с прозвищем по характеру всё же правдоподобнее — она подтверждается частотой бытовых прозвищ в крестьянской среде.