Фамилия Лизень — одна из тех, где за простым звучанием скрывается спорная этимология. Самая распространённая версия связывает её с прозвищем Лизень, образованным от нарицательного «лизун». Здесь важно понять логику предков: прозвище Лизень могло выполнять охранительную функцию, то есть служить оберегом. Родители, желая уберечь ребёнка от сглаза или болезней, намеренно давали ему прозвище с неблаговидным, на первый взгляд, значением. Надеясь вырастить красивого и здорового сына, они называли его Лизнем — чтобы злые силы не позарились на «плохое» имя.

Однако есть и альтернативная, хотя и менее вероятная, гипотеза. Согласно ей, фамилия Лизень восходит к имени Лиза — просторечной форме крестильного имени Елизар (в переводе с древнееврейского — «Бог помог») или к женскому имени Елизавета («Богу обетованная»). В этом случае фамилия образована от личного имени, но такая модель встречается реже: обычно от женских имён фамилии давали, когда мужчина воспитывался матерью-одиночкой или если жена была главой дома. В случае с Лизнем эта версия выглядит натянутой, поскольку суффикс -ень нехарактерен для отыменных фамилий на Руси.

С точки зрения словообразования, суффикс -ень в фамилии Лизень типичен для украинских и белорусских прозвищных фамилий (сравните: Хоробрень, Малень). Это указывает на возможное западнорусское или малороссийское происхождение рода. В России такая модель встречается реже, что делает фамилию Лизень географически привязанной — скорее всего, её носители происходят с территорий современной Украины или Беларуси.

Таким образом, основная версия — охранительное прозвище Лизень от «лизун», а версия с именем Елизар или Елизавета — лишь гипотеза, не подкреплённая массовыми ономастическими данными. Фамилия редкая, её носители немногочисленны, и в исторических документах она почти не встречается.