Фамилия Липень чаще всего отсылает к июлю — в белорусском и украинском языках это слово и значит «июль». Скорее всего, мирское имя Липень дали ребёнку, родившемуся в этом месяце. Такая традиция называть детей по времени года или календарю была распространена в восточнославянской среде, особенно среди крестьян, до введения обязательных церковных имён.

Суффикс -ень в фамилии указывает на древнюю модель образования прозвищ и мирских имён, характерную для западнорусских земель. Встречается она и в других фамилиях-названиях месяцев: Студень, Кветень. Географически фамилия Липень плотнее всего привязана к Беларуси и западным областям России — там, где украинское или белорусское название июля было обиходным.

Есть и вторая версия, хотя она менее вероятна. Если корень не «липень» (июль), а «лепить», то прозвище Липень могли дать гончару или лепщику. Но тогда ждали бы форму с е, а не с и. В белорусском и украинском языках глагол «лепить» звучит как «ліпіць» — отсюда могло возникнуть и «ліпень» как «тот, кто лепит». Однако основное значение слова в этих языках всё равно закрепилось за июлем, поэтому календарная версия убедительнее.

Фамилия Липень относится к редкому типу — она не имеет патронимического суффикса (-ов, -ин, -ский) и сохранилась в исходной форме прозвища или мирского имени. Такие фамилии чаще встречаются у украинцев и белорусов, у русских они обычно обрастали суффиксами.