Фамилия Липеев — редкий пример, где за привычным окончанием скрывается неочевидная основа. Суффикс -ев указывает на притяжательное значение («чей?» — сын Липея), но само имя или прозвище Липей встречается крайне редко. В отличие от массовых фамилий на -ов/-ев, образованных от крестильных имён (Иван — Иванов), здесь основа явно прозвищная или топонимическая.

Самая прямая версия — от слова «липей» в значении «липовая роща» или «липовый лес». В русских говорах «липей» (или «липняк») называли участок, где растут липы. Прозвище Липей мог получить человек, живший у такого леса или владевший им. Фамилия тогда означает «потомок Липея» и по смыслу близка к Липкину или Липову, но с другим словообразовательным ходом.

Менее вероятная, но возможная версия — от календарного имени Филипп. В просторечии Филипп мог сокращаться до Лип (ср. Липат от Ипат), а уменьшительная форма Липей дала фамилию. Однако для этого пришлось бы объяснить отпадение начального «ф», что в русской народной традиции случалось (Офонасий → Афанасий), но для фамилии Липеев нет документальных подтверждений такого перехода.

Географически фамилия тяготеет к центральным и южным регионам России — там, где липа была распространённой породой и давала названия сёлам (Липец, Липяги). Встречается она редко, не входит даже в первую тысячу русских фамилий. Это говорит о том, что родоначальник Липеевых был, скорее всего, крестьянином или однодворцем из чернозёмной полосы, а фамилия закрепилась локально, не распространившись по стране.

Интересная деталь: если сравнить Липеева с однокоренными Липкиным и Липовцевым, видно, что суффикс -ей (а не -к- или -овец) — архаичная модель, характерная для прозвищ, а не для фамилий от названий деревень. Это лишний раз подтверждает: предок нынешних Липеевых получил прозвище от места жительства, а не от официального названия населённого пункта.