Фамилия Липецкий — классический пример топонимической фамилии, то есть образованной от географического названия. В основе лежит название города Липецк. Первые упоминания о нём в летописях относятся к XIII веку, но после полного разрушения города татарами в 1284 году он исчезает из письменных источников на несколько столетий. Это заставляет историков спорить: связан ли тот, летописный Липецк с современным городом, или это разные поселения.

На месте нынешнего Липецка в первой половине XVII века летописи фиксируют село Малые Студёнки Липские. Название «Липские» прямо указывает на липовые леса, которые в изобилии росли в этих краях. От слова «липа» и пошло имя города, а затем и фамилия.

Суффикс -цк- в фамилии Липецкий указывает на происхождение носителя с конкретной территории. Модель образования типична для дворянских и польских шляхетских фамилий (сравните: Запольский, Трубецкой), но в России такие фамилии часто давали выходцам из мещан и духовенства, которые переселялись в другие места и получали прозвание по месту прежнего жительства. Таким образом, предок человека с фамилией Липецкий, скорее всего, был уроженцем Липецка или его окрестностей и переехал на новое место, где и получил это «географическое» прозвище.

Встречаются также однокоренные фамилии — Липец, Липский, Липецких. Форма Липецкий — самая распространённая и указывает на конкретную привязку к городу, а не просто к липовой роще.