Фамилия Липецкер — одна из тех, что не оставляет сомнений в своём географическом происхождении. Её основа — название города Липецк, а суффикс -ер указывает на еврейскую (ашкеназскую) модель образования фамилий, распространённую в Восточной Европе. В данном случае мы имеем дело с так называемой топонимической фамилией, которую давали человеку, переехавшему из определённого места. Липецкер — это «тот, кто родом из Липецка» или «житель Липецка».

Обратите внимание на суффикс. В славянской традиции выходец из города получил бы фамилию Липецкий или Липецков. Суффикс -ер (как в фамилиях Варшавер, Одессер, Бердичер) — характерный признак еврейских фамилий, которые массово закреплялись в Российской империи с конца XVIII века, после разделов Польши, когда еврейское население обязали иметь постоянные фамилии. Чаще всего их давали по месту, откуда человек прибыл в новый населённый пункт.

Вероятнее всего, носитель фамилии Липецкер или его предки жили в Липецке, но не были коренными жителями — фамилия закрепилась за ними в другом месте, куда они переехали. Липецк в XVIII–XIX веках был небольшим уездным городом Тамбовской губернии, известным своими железоделательными заводами и минеральными водами. Еврейское население там было немногочисленным, но существовало, в основном за счёт ремесленников, торговцев и отставных солдат-кантонистов, которым разрешалось селиться за пределами черты оседлости.

Стоит упомянуть, что существует и менее вероятная, но всё же возможная версия: фамилия могла произойти не от города, а от речки Липец (приток Воронежа) или от прозвища человека, связанного с липой (липец — «липовый мёд» или «липовая роща»). Однако суффикс -ер в этом случае был бы нетипичен — для прозвищного значения скорее подошёл бы суффикс -ец (Липец). Поэтому версия с городом Липецком остаётся основной и наиболее логичной.