Фамилия Липец в своей основе почти наверняка связана с липой — деревом, которое у славян считалось священным. Однако точное происхождение прозвища, от которого она образована, может быть разным. Самая очевидная версия: прозвище Липец получил человек, живший рядом с липовой рощей или в местечке, которое называлось Липы. Такие фамилии по названию местности без специального суффикса (как Липец) встречаются реже, чем образованные с помощью -ский, но они есть — их давали переселенцам, которые называли себя по покинутому селу.

Менее распространённая, но тоже возможная версия отсылает к украинскому диалектному глаголу «липати» — «отдирать верхний слой, разбивать, ломать». Если это так, то прозвище Липец было профессиональным: предок мог драть лыко (липовое лыко как раз шло на лапти и мочало) либо заниматься ремеслом, где требовалось что-то разбивать или ломать. Ещё один вариант: Липа — это мирское имя, которое давали ребёнку, чтобы природа приняла его как своего и передала ему полезные качества. Липу на Руси не рубили без крайней нужды, под ней останавливались крестные ходы и устраивали трапезы, так что имя-оберег было осмысленным.

Словообразовательная модель здесь простая: основа «лип-» плюс суффикс -ец, который в русских фамилиях часто указывает на принадлежность к месту или характерный признак человека. Фамилия Липец могла закрепиться в той форме, в какой её записали, без дополнительных патронимических суффиксов -ов или -ин, что нередко для украинских и белорусских земель.

Сведения о носителях фамилии встречаются в архивных документах. В архивах Прокуратуры Москвы упоминается Липец Вера Алексеевна, родившаяся в 1890 году в городе Вильно (нынешний Вильнюс). А в Книге памяти Ставропольского края записана Липец Екатерина Захаровна, 1896 года рождения, из города Ворошиловска (сейчас Ставрополь). Эти записи подтверждают, что фамилия бытовала на западе империи (в Литве) и на юге России, что косвенно указывает на её возможное западнорусское или украинское происхождение.