Фамилия Липеева — женская форма фамилии Липеев, и её происхождение напрямую связано с разговорным прозвищем или именем, которое получил первый носитель. В основе фамилии лежит слово «липей» — так в некоторых русских говорах называли липняк, липовый лес, а также человека, живущего в такой местности или занимающегося заготовкой липовой коры (лыка). Лыко было важнейшим поделочным материалом для крестьян: из него плели лапти, корзины, мочалки. Поэтому Липеевым могли прозвать того, кто драл лыко, жил у липовой рощи или владел ею.

Словообразовательная модель здесь проста: к основе «Липей» добавился патронимический суффикс -ев, означающий принадлежность. Липеев — буквально «сын Липея». Суффикс -ев, а не -ов, указывает, что основа оканчивалась на мягкий или шипящий согласный (в данном случае на «й»). Это довольно редкая модель для русских фамилий: чаще встречаются фамилии на -ов от твёрдых основ, тогда как -ев характерен для основ на -ь, -й.

Географически фамилия Липеев, а значит и Липеева, встречается преимущественно в центральных и северных областях России, где липовые леса были распространены и имели хозяйственное значение. В южных степных регионах липа растёт реже, поэтому и фамилия там менее характерна. По той же модели образованы фамилии Липкин, Липкин, Липский — но каждая из них уходит в свой диалектный контекст.

Спорных версий у фамилии немного. Иногда Липеева связывают с именем Липей как производным от канонического имени Филипп (через сокращение Филипей → Липей). Такое сокращение возможно, но менее вероятно: в народной среде прозвища по месту жительства или занятию давались чаще, чем усечённые формы крестильных имён. Если бы основой было имя, фамилия скорее приняла бы форму Липин или Липьев. Поэтому версия с липовым лесом — основная и самая правдоподобная.