Фамилия Липенев образована от прозвища или нецерковного имени Липень. В основе лежит слово «липа» — дерево, широко распространённое в средней полосе России. Прозвище Липень мог получить человек, живший возле липовой рощи, занимавшийся сбором липового цвета или изготовлением мочала из липового лыка. Возможен и переносный смысл: в некоторых говорах «липой» называли ненадёжного, льстивого человека, но это значение менее вероятно для фамилии, так как прозвища с отрицательной окраской реже закреплялись в качестве наследственных имён.

Фамилия построена по типичной для русских фамилий модели: к основе Липен- добавлен патронимический суффикс -ев. Суффикс указывает на принадлежность: Липенев — сын Липеня. Форма на -ев, а не на -ов, объясняется тем, что основа оканчивается на мягкий согласный (в данном случае на -нь). Такая словообразовательная схема характерна для центральных и северных регионов России, где фамилии на -ев широко распространены.

Интересная деталь: фамилия Липенев — редкая. Она не входит в число массовых русских фамилий, что говорит о её локальном происхождении. Вероятно, родоначальник Липеневых жил в одном из сёл или деревень, где прозвище Липень было настолько устойчивым, что перешло в фамилию без изменений. Встречается она преимущественно в Поволжье и некоторых областях Центральной России, что косвенно указывает на регион, где липа была заметной частью ландшафта и хозяйства.

Можно сравнить Липенева с однокоренными фамилиями: Липов, Липкин, Липатов. В отличие от них, форма Липенев сохранила исходное прозвище почти без изменений, без дополнительных уменьшительных суффиксов. Это намекает на то, что прозвище Липень могло быть дано взрослому человеку, а не ребёнку, и носило скорее описательный, чем ласкательный характер.