Фамилия Липенков образована от прозвища или некрестильного имени Липенко. Основа здесь — «липа», а суффикс «-енко» указывает на уменьшительность или принадлежность: в украинской и южнорусской традиции «Липенко» — это «маленькая липа» или «сын (потомок) Липы». Сама фамилия Липенков — это уже русифицированная форма, где исконный украинский суффикс «-енко» заменили на великорусский «-ов» (притяжательное значение: «чей?» — Липенков, то есть «сын Липенка»).

Корень «лип-» многозначен. Самое прямое объяснение — прозвище по дереву: липа считалась на Руси крестьянским деревом, из неё делали мочало, лыко, посуду, а её цвет заваривали как чай. Человека могли прозвать Липой за мягкий характер, за высокий рост или за то, что жил в липовой роще. Но есть и другая версия: в старых говорах «липа» означала подделку, обман («липовый документ»). В этом случае Липенко — прозвище нерадивого мастера или хитреца. Третья, менее вероятная версия — отчество от календарного имени Филипп, которое в бытовой речи сокращали до Липа (через форму Филя — Липа). Однако для фамилии Липенков эта связь слаба, так как уменьшительные от Филиппа обычно давали фамилии Филенков, Филиппов.

Географически фамилия Липенков тяготеет к южным регионам России и востоку Украины, где продуктивна модель «-енко». Встречается она и в центральных областях, куда переселялись малороссы. Суффикс «-ов» в конце — верный признак того, что фамилию записали в русских документах, а её исходная форма Липенко сохранилась у однофамильцев на Украине. Сословной принадлежности предки Липенковы, скорее всего, были крестьянами или однодворцами, хотя прозвище могло закрепиться и за казаком.

Редкость фамилии в том, что она сохранила двойную словообразовательную метку: украинский суффикс уменьшительности и русский притяжательный суффикс. Это делает её хорошим примером того, как фамилии «переезжали» через границу диалектов.