Фамилия Лизгина звучит звонко, и её основа сразу вызывает в памяти этноним «лезгины» — народ, исторически проживающий на Кавказе, в основном в Дагестане и Азербайджане. Однако написание через «и» в первом слоге — не ошибка, а отражение старой русской традиции передачи этого слова. В документах XIX — начала XX века «лезгин» нередко писали как «лизгин», и фамилия закрепилась именно в таком, фонетическом варианте.

Словообразовательная модель здесь прозрачна: фамилия образована от прозвища или мирского имени Лизгин при помощи типичного русского патронимического суффикса -а. В классической системе русских фамилий суффикс -ин присоединяется к основам на -а/-я, поэтому «Лизгина» — это форма женского рода, а мужская будет Лизгин. Такая фамилия могла возникнуть в среде, где этническое прозвище давали человеку, приехавшему с Кавказа, либо тому, кто внешне или по поведению напоминал лезгина — например, носил черкеску, папаху или славился горячим нравом.

Географически фамилия Лизгина встречается не в Дагестане, а преимущественно в центральных и южных регионах России, особенно в Ростовской области, Ставропольском и Краснодарском краях. Это логично: прозвище «лизгин» давали переселенцам с Кавказа, которые оседали на Кубани и Дону. Встречается фамилия и на Урале, что может быть связано с более поздними миграциями.

Существует и менее очевидная версия: основа «лизг-» может восходить к тюркскому слову со значением «смелый», «удалой». В таком случае фамилия могла возникнуть независимо от кавказского этнонима, но это лишь гипотеза, не подкреплённая массовыми данными. Надёжнее считать фамилию Лизгина этническим прозвищем, которое закрепилось за родом выходцев с Кавказа или их потомков.

По сословной принадлежности носители фамилии были в основном крестьянами и казаками. Дворянских родов с такой фамилией в исторических источниках не зафиксировано.