Фамилия Лодейкин — прямая отсылка к ремеслу или месту жительства. Её основа — слово «лодейка» (уменьшительное от «лодья», «ладья»). В древнерусском языке лодьей называли крупное парусно-гребное судно, а лодейкой — небольшую лодку или ладью. Соответственно, Лодейкиным могли прозвать мастера, который строил такие суда (лодейника), либо владельца лодейки — перевозчика или рыбака.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — лодейкин, то есть сын или работник Лодейки. Сначала прозвище Лодейка закрепилось за конкретным человеком, а затем от него образовалась фамилия. Такая модель типична для русских фамилий, возникших из профессиональных прозвищ: Кузнецов, Плотников, Рыбаков.

Важно не путать с топонимической версией. В России есть город Лодейное Поле (Ленинградская область), название которого тоже связано с лодьей — там при Петре I строили суда для Балтийского флота. Однако фамилия Лодейкин могла возникнуть и независимо от этого топонима: прозвище Лодейка встречалось в разных регионах, где было развито судостроение или судоходство — на Севере, Волге, Дону.

Ономасты, в частности Б. Унбегаун в «Русских фамилиях», относят этот тип к профессиональным именованиям. Споров о происхождении почти нет: корень прозрачный, а альтернативные версии (от «ладить» или «ладный») слабы и не подтверждаются словообразованием. Фамилия редкая, но старинная: в переписных книгах XVII века уже встречаются крестьяне и посадские люди с таким именованием.