Фамилия Лодочкины образована от прозвища Лодочка по типичной для русского языка модели с суффиксом -ин, указывающим на принадлежность: «чей?» — сын Лодочки. Основа здесь — не имя, а прозвище, связанное с лодкой. Так могли назвать мастера, который делал лодки и мелкие суда, владельца лодки или перевозчика, который работал на ней. В конце XV века на Белоозере жил Лодка (Лотка) Романович Монастырев — об этом упоминает историк С. Веселовский в своих ономастических работах. Этот пример показывает, что прозвище бытовало в северных землях, где речные и озёрные пути сообщения играли ключевую роль в хозяйстве.

Формы Лодочка и Лодка — это, скорее всего, один корень, различающийся суффиксом субъективной оценки. Уменьшительное -очк- могло закрепиться в прозвище как ласкательное или ироничное. Точное время появления фамилии Лодочкин установить трудно: фамилии в крестьянской среде окончательно закреплялись в XIX веке, но в среде служилых людей и ремесленников — раньше. Географически фамилия тяготеет к северным и центральным регионам России, где лодочный промысел был обычным делом.

В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые тоже образуются от прозвищ, суффикс -ин чаще присоединялся к основам на -а/-я, что и произошло с Лодочкой. Однокоренные фамилии — Лодкин, Лодочников — встречаются реже, но все они восходят к одному кругу занятий. В писцовых книгах XVI–XVII веков можно найти упоминания крестьян и посадских людей с прозвищем Лодка, но документальных записей именно фамилии Лодочкин в ранних источниках пока не обнаружено. Это не редкость: многие фамилии фиксируются только в метрических книгах XIX века.