Фамилия Лодочкин происходит от прозвища Лодочка. Слово «лодочка» — уменьшительное от «лодка», но в основе фамилии лежит не столько размер судна, сколько род занятий или характерная черта человека. Прозвище могли дать мастеру, который строил лодки и другие мелкие суда, — своего рода ремесленное именование по профессии. Но была и другая возможность: Лодочкой называли владельца лодки или перевозчика, который зарабатывал тем, что доставлял людей на другой берег.

В исторических документах встречается близкое прозвище: в конце XV века на Белоозере жил Лодка (Лотка) Романович Монастырев. Это имя записано в трудах С. Б. Веселовского. Форма «Лотка» — диалектный вариант, где «д» перешло в «т», что характерно для северных говоров. Такая вариативность подсказывает, что прозвище бытовало в разных уголках Руси, а не было локальным.

Фамилия образована по типичной модели: к основе Лодочк- добавили суффикс -ин, который указывает на принадлежность: «чей?» — Лодочкин, то есть сын или потомок Лодочки. Это патронимическая фамилия, но не от крестильного имени, а от прозвища. В отличие от фамилий на -ов/-ев, суффикс -ин чаще встречается у основ, оканчивающихся на -а/-я, что здесь и видно.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Лодкин, Лодочников, Лодков — показывает разницу в суффиксах. Лодочкин — более конкретная форма, подчёркивающая именно уменьшительное прозвище, тогда как Лодочников прямо отсылает к ремеслу. Социальный статус носителей мог быть разным: от крестьянина-перевозчика до ремесленника, но в большинстве случаев фамилия зародилась в среде простых людей, чья жизнь была связана с водой и промыслом.