Фамилия Лодочникова образована от прозвища Лодочник. В основе лежит слово «лодка» — судно для передвижения по воде. Прозвище было профессиональным: так называли мастера по изготовлению лодок и других мелких судов, владельца лодки или человека, который перевозил на ней людей и грузы, то есть занимался переправой. Лодочник — одна из тех фамилий, где прозвище прямо указывало на занятие, а не на внешность или характер.

Словообразовательная модель проста: к основе «лодочник» добавили типичный русский суффикс -ов, который указывает на принадлежность («чей?»). Изначально фамилия Лодочников означала «сын Лодочника» или «из семьи Лодочника». По той же модели образованы десятки других русских фамилий от названий профессий: Плотников, Кузнецов, Рыбаков.

У прозвища Лодочник есть родственные именования в древнерусской истории. С. Б. Веселовский в своих ономастических работах упоминает Лодку (Лотку) Романовича Монастырева из Белоозера, конец XV века. Это подтверждает, что корень «лодк-» использовался в личных именах и прозвищах на Руси уже пятьсот лет назад.

Интересная деталь: фамилия Лодочникова — женская форма, а мужская — Лодочников. Родовое гнездо, скорее всего, находилось в северных или центральных областях России, где ремесло лодочника было востребовано на реках и озёрах. В южных степных регионах эта фамилия встречается реже.

В дореволюционной России носители фамилии Лодочниковы относились к разным сословиям. В основном к крестьянскому и мещанскому, но встречались и среди купцов — особенно в городах на крупных реках, где лодочный промысел кормил целые династии. Сведений о дворянских родах с этой фамилией нет.