Фамилия Лодоненко — типичный пример украинской фамилии, образованной по продуктивной модели с суффиксом -енко. Этот суффикс в XVI–XVIII веках в Поднепровье и Слобожанщине означал «сын» или «потомок» (буквально «маленький», «младший»). То есть Лодоненко — это «сын Лодона» или «потомок Лодона». Вопрос упирается в то, что скрывается за основой «Лодон».

Самая прямая версия — от прозвища или имени Лодон. В украинских говорах слово «лодон» могло быть вариантом слова «лодка» (через диалектное «лодья», «лодонь»). Тогда прозвище Лодон получал лодочник, перевозчик или тот, кто строил лодки. Ремесленные прозвища часто становились фамилиями без изменений, а потом обрастали патронимическим суффиксом для детей.

Есть и менее очевидный вариант: основа могла восходить к диалектному «лодонь» — ладонь. В некоторых говорах юго-западной Руси «лодонь» фиксируется как форма слова «ладонь». Тогда прозвище Лодон мог получить человек с широкой ладонью, сильной рукой или, наоборот, с какой-то приметой на руке. Такие прозвища по частям тела тоже часты в народной ономастике.

Третья гипотеза — связь с личным именем. В дохристианской и раннехристианской традиции бытовало имя Лод (возможно, от славянского «лад» — согласие, порядок). Форма Лодон — это уже уменьшительная или обласкательная форма того же корня. Тогда фамилия Лодоненко — чистый патроним: потомок человека по имени Лод или Лодон.

Фамилия редкая, в современных справочниках массово не представлена. Встречается преимущественно на востоке Украины и в южных областях России, куда шли миграционные потоки из Приднепровья в XIX веке. По сословной принадлежности предки Лодоненко, скорее всего, были казаками или крестьянами — именно в этих средах фамилии на -енко формировались особенно активно.