Фамилия Логиниди — это греческий по происхождению патроним, образованный от имени Логин. Имя Логин является народной формой крестильного имени Логгин, которое в свою очередь восходит к латинскому Longinus (длинный). В православных святцах известен мученик Логгин Сотник, воин, присутствовавший при распятии Христа.

Ключевой элемент здесь — суффикс -иди. В греческой ономастике этот суффикс (часто в форме -идис, -иди, -адис) аналогичен русскому -ов/-ев: он указывает на принадлежность к роду. Логиниди буквально означает «из рода Логина», «потомок Логина». Такая модель типична для фамилий, которые массово появлялись у греков в XIX веке, когда требовалось закрепить наследственное именование.

В Российскую империю фамилия Логиниди попала вместе с волнами греческой миграции. Самый заметный след оставили греки, переселившиеся в Приазовье (современная Донецкая область Украины) в конце XVIII века по указу Екатерины II. Здесь образовались компактные греческие поселения, и фамилии на -иди стали местной нормой. Логиниди — одна из тех фамилий, которые и сегодня встречаются в приазовских сёлах, а также среди потомков греческих эмигрантов в Греции и других странах.

В отличие от русских фамилий, где суффикс -ин указывал на принадлежность матери (например, Марьин), греческий -иди строго патриархален: он ведёт род только по отцовской линии. Поэтому предок-основатель с именем Логин — это не просто имя, а конкретный мужчина, от которого пошла вся фамильная ветвь. Поскольку имя Логин в греческой среде было не самым распространённым (чаще встречались Георгий, Дмитрий, Иван), фамилия Логиниди остаётся относительно редкой.