Фамилия Лонгиниди — редкий случай в русском ономастиконе, и её происхождение сразу выдаёт нерусские корни. Суффикс -иди (или -ди) — верный признак греческого или понтийского происхождения, типичного для фамилий, образованных от личных имён или прозвищ. В данном случае в основе лежит греческое имя Лонгин (Λογγίνος), которое восходит к латинскому longus — «длинный», «высокий». В античности так называли человека высокого роста, а в христианской традиции имя связано со святым Лонгином Сотником, воином, пронзившим копьём ребро распятого Христа.

Фамилия Лонгиниди — это патроним, то есть «сын Лонгина». Окончание -иди в греческом языке выполняет ту же роль, что и русское -ов или -ин: указывает на принадлежность к роду. Такие фамилии в большом количестве встречались у греков, переселившихся на территорию Российской империи, особенно из Малой Азии и Причерноморья (понтийские греки). В России и на Украине носители фамилии Лонгиниди — это потомки греческих колонистов, которые селились в Крыму, Приазовье, Одесской области и на Кубани. Встречаются также варианты написания: Лонгинидзе (с грузинским суффиксом) или Лонгинов (полностью русифицированный вариант), но Лонгиниди сохраняет исходную греческую форму.

Интересная деталь: в русских церковных святцах имя Лонгин известно, но фамилии на -иди не образовывались — это чуждая славянской языковой модели конструкция. Поэтому если вы встретили Лонгиниди в современной России, почти наверняка предки этого человека были греками, которые сохранили фамилию после переселения в XVIII–XIX веках. Никакой связи с дворянскими родами или казачьими фамилиями здесь нет — это чисто этнический маркер, указывающий на греческое происхождение и, возможно, на принадлежность к понтийской общине.