Фамилия Лонгиненко образована по типичной украинской модели: к основе добавлен суффикс -енко. В украинской ономастике этот суффикс означает «сын» или «потомок», то есть Лонгиненко — буквально «сын Лонгина». Основа фамилии — крестильное имя Лонгин, которое пришло из латыни, где longus значит «долгий», «длинный». Так что имя, лёгшее в основу фамилии, никак не связано с характером или внешностью предка — это калька с латинского прозвища, закрепившегося в святцах.

У имени Лонгин несколько небесных покровителей, и это важно для понимания географии фамилии. В православной традиции особенно почитаются преподобный Лонгин Коряжемский (память 23 февраля), преподобный Лонгин Яренгский (16 июля) и мученик Лонгин Мелитинский (20 ноября). Разные даты имён говорят о том, что имя было распространено в разных слоях населения, а не только в среде духовенства.

Фамилия Лонгиненко — не единственная в этом гнезде. Рядом стоят Лонгинов, Лонгинский, Лонгинович. Но именно суффикс -енко сразу указывает на украинское происхождение. Такие фамилии массово закрепились на Левобережной Украине, в частности на Полтавщине и Черниговщине, в XVI–XVII веках, когда модель на -енко стала доминирующей для обозначения потомков. Поэтому носители фамилии Лонгиненко, скорее всего, происходят из крестьянской или казацкой среды этих регионов.

Имя Лонгин в народной среде могло звучать и как Логгин, отсюда возможны варианты написания фамилии через двойное «г». Но форма Лонгиненко — более книжная, восходящая к церковному произношению имени. Встречаемость фамилии невысокая, что говорит о её узколокальном бытовании: она не «размножилась» через дворянские роды или крупные переселения, а осталась в пределах одной-двух волостей.