Фамилия Лоходанов — редкая и морфологически прозрачная, но с неочевидным корнем. Она образована по стандартной модели русских фамилий: основа + суффикс -ов, указывающий на принадлежность («чей?»). Суффикс -ан- в основе — типичный для русских прозвищ и личных имён (ср. Горлан, Болван, Смутьян), он придаёт слову оттенок характерности, часто пренебрежительный или шутливый. Таким образом, Лоходанов — потомок человека по прозвищу Лох(о)дан.

Главный вопрос — что значит это прозвище. Самая прямая версия: в его основе лежит слово «лох» в значении «неуклюжий человек, простофиля, разиня». Это значение широко известно в русских говорах и зафиксировано в словарях (например, у В. И. Даля: «лох» — «простофиля, разиня»). Суффикс -дан мог быть присоединён для усиления или как элемент местного говора (ср. «лох» → «лоходан» — «большой лох, крайний простак»). Тогда Лоходанов — потомок того, кого в деревне дразнили за наивность или неловкость.

Вторая, менее вероятная, но не исключённая версия — связь с диалектным словом «лох» (рыба, а точнее — сёмга после нереста, тощая и обессиленная). В этом случае прозвище Лоходан мог получить рыбак или человек, имевший отношение к ловле лососёвых, либо, опять же, метафорически — «тощий, измождённый». Однако эта версия слабее, так как суффикс -дан для рыбацких прозвищ нетипичен, а первая трактовка проще и логичнее.

Географически фамилия тяготеет к югу России. Встречается в документах XVIII–XIX веков по Курской, Воронежской и Харьковской губерниям — регионам, где активно бытовали прозвища на -ан. Сословно носители, скорее всего, были однодворцами или государственными крестьянами — людьми, чьи фамилии часто фиксировались поздно и по прозвищам, а не по имени отца.

С точки зрения ударения: в фамилии оно падает на третий слог — Лохода́нов. Встречающийся изредка вариант Лохо́данов — результат смещения ударения по аналогии с другими фамилиями, но исторически верно именно на «а́».

Таким образом, Лоходанов — фамилия-прозвище, прямая и нелестная: «сын того, кого звали Лоходаном», то есть простофилей или разинем. В крестьянской среде такие прозвища не считались оскорблением — они были бытовой характеристикой, часто шутливой, и закреплялись за родом навсегда.