Фамилия Лонганюк — один из тех случаев, когда корень слова не так очевиден, как суффикс. Суффикс -юк однозначно указывает на западную Украину: он типичен для Волыни, Подолья, Полесья и означает «сын» или «потомок» (аналог восточнославянского -ов/-ев). То есть Лонганюк — это «сын Лонгана». А вот с самим Лонганом начинаются сложности.

Самая прямая версия: Лонган — это адаптация имени Лонгин (Longinus). В народной речи имя Лонгин часто сокращали и переделывали: Лонган, Лонгун, Лонгаш. Лонгин — имя латинского происхождения, в христианской традиции его носил сотник, пронзивший копьём ребро распятого Христа (святой Лонгин Сотник). Имя было распространено в православных и греко-католических областях, особенно в среде сельского духовенства и крестьян. Если фамилия образована от Лонгин, то её носитель — потомок человека по имени Лонгин (или Лонган).

Вторая версия менее вероятна, но возможна: основа «лонг» может быть связана с польским długi (длинный) или украинским довгий. В таком случае Лонган — это прозвище высокого или долговязого человека, а Лонганюк — его «сын» или потомок. Однако для украинского языка форма «лонг» нетипична: «довгий» обычно даёт фамилии Довганюк, Довгаль, Довгопол. Поэтому версия с Лонгином выглядит убедительнее.

Фамилия редкая, в официальных списках (например, в реестрах переселенцев XIX века) почти не встречается. Это говорит о том, что она могла бытовать в замкнутой местности — в одном селе или среди одной семьи. Скорее всего, Лонганюки — выходцы из Западной Украины (Волынь, Ровенщина, Тернопольщина), откуда в XX веке разъехались по разным регионам СССР.