Фамилия Лопункова — женская форма мужской фамилии Лопунков. Её основа неочевидна и требует лингвистической разминки, но разобравшись, видишь чёткую картину.

Словообразовательная модель стандартна: суффикс -ов- указывает на принадлежность («чей?»), то есть Лопунков — потомок человека по прозвищу или имени Лопунок. А вот корень — лоп- — отсылает к глаголу «лопать» (есть с жадностью, хлебать) или существительному «лопух» (растение, а в переносном смысле — простак, разиня). В диалектах русского севера, например в архангельских и вологодских говорах, «лопун» — это тот, кто много ест или работает небрежно, кое-как. Суффикс -ок в исходном прозвище (Лопунок) мог быть уменьшительным или указывать на молодого человека: сын Лопуна или просто малорослый, несерьёзный носитель такого же качества.

Таким образом, предок Лопунковых скорее всего получил прозвище за характерную черту: либо за неуёмный аппетит, либо за рассеянность, нерасторопность — как лопух, который ко всем липнет. Второй вариант, с «лопухом», встречается в русской ономастике чаще: фамилии Лопухин, Лопухов известны, а Лопунков — их близкий диалектный родственник, только с другим суффиксом.

Географически фамилия редкая, тяготеет к северным и центральным областям России. В дореволюционных переписях Лопунковы могли быть крестьянами или мещанами — прозвищные фамилии такого типа редко поднимались выше податных сословий. В написании возможны варианты через «а» (Лапунков), если корень путали с «лаптем», но основная версия именно с «о» и глагольным корнем.

Фамилия не получила широкой известности, поэтому её носители — почти наверняка потомки одного локального рода, разошедшегося по разным губерниям.