Фамилия Лойткан — редкая и неочевидная с точки зрения русского языка. Её происхождение проще всего объяснить, если отбросить привычную модель «основа + суффикс -ов/-ин». В фамилии нет типичных русских суффиксов, зато есть финаль -ан, которая может указывать на иноязычный корень.

Скорее всего, Лойткан — это фамилия немецкого или прибалтийского происхождения, русифицированная на письме. В её основе лежит немецкая фамилия или прозвище Leutkan, которое, в свою очередь, восходит к средневерхненемецкому liute (люди, народ) или к личному имени Leut (сокращение от Leutbert, Leuthold и т.п.). Суффикс -кан в немецкой ономастике — уменьшительная форма, распространённая в восточно-прусских и балтийских говорах. Таким образом, Лойткан могло означать «маленький Лойт» или «сын Лойта».

Второй, менее вероятный, путь — финно-угорский. В карельском и вепсском языках есть корень loit- (далеко, дальний), а -kan — уменьшительный суффикс. В этом случае фамилия могла быть прозвищем человека, жившего на отшибе, «дальнего». Но эта версия слабее, так как фамилии с таким корнем в прибалтийско-финских языках почти не встречаются, а в немецких архивах Восточной Пруссии Leutkan фиксируется.

Географически фамилия Лойткан привязана к северо-западу Российской империи — бывшим губерниям Прибалтики, Петербургской и Выборгской. Носители фамилии — скорее всего, потомки немецких колонистов или обрусевших прибалтийских немцев, которых в XVIII–XIX веках переселяли в эти регионы. Позже, с миграциями, фамилия могла попасть в Сибирь и на Урал.

Социальный статус предков определить трудно. Среди немецких поселенцев были и крестьяне, и ремесленники, и мелкие чиновники. Учитывая редкий суффикс, фамилия могла принадлежать не дворянскому роду, а простому сословию — скорее всего, мещанам или однодворцам.

В современном русском языке фамилия Лойткан не склоняется по падежам, если принадлежит мужчине, и склоняется только в женском варианте (Лойткан — Лойткан, ср. «нет Лойткана»). Написание с буквой «й» вместо «и» — результат адаптации немецкого дифтонга eu к русской графике: в оригинале фамилия могла звучать как Лойткан или Лёйткан.